Hay tres tipos principales de microscopios: ópticos, electrónicos o de sonda local. Estas son las diferencias entre ellos: Los microscopios ópticos: utilizan lentes ópticos para formar la imagen mientras se controla el rayo de luz para iluminar la muestra. Se pueden modificar varios parámetros (tipo de iluminación, polarización, filtrado espectral, filtrado espacial) para disponer de diferentes técnicas de observación. Los microscopios digitales son tipos de microscopios ópticos en los que el ojo del observador es reemplazado por una cámara. Los aumentos en la microscopía óptica son del orden de 1000x.microscopios electrónicos: la irradiación de la muestra se realiza mediante un haz de electrones. Los aumentos aquí son mucho más altos que en la microscopía óptica y pueden ser hasta dos millones de veces más altos. Existen dos tipos principales de microscopios electrónicos: los microscopios electrónicos de transmisión (TEM) y los microscopios electrónicos de barrido (SEM).microscopios de sonda local: este tipo de microscopía consiste en acercar una sonda a la superficie de un objeto y determinar la topografía de la superficie de una muestra. Dependiendo del microscopio utilizado, la resolución espacial puede ser tan alta como la escala atómica. Los ejemplos incluyen los microscopios de fuerza atómica (AFM) o los microscopios de campo cercano (SNOM).